《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》改编自日本漫画家广山弘作的《Fate/stay night》的外传漫画《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》。故事围绕成为了魔法少女的伊莉雅展开故事。虽然人设风格和部分细节设定有别于原作，但作品的世界观以及既有角色的本质设定都基本以原作为基准。
故事主要讲述了女主角伊莉雅是就读穗群原学园的普通女生，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她，还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……